Liên Chi hội Nội soi Tiêu hóa Việt Nam được thành lập vào năm 2011 tại hội thảo với chủ đề “Xu thế phát triển Nội soi Tiêu hóa ở Việt Nam và trên Thế giới” dưới sự chủ trì của GS.TS. Tạ Long – Chủ tịch Hội Tiêu hóa Việt Nam, TS. Trần Hữu Thăng – đại diện cho Tổng hội Y Dược học Việt Nam – và sự tham gia của 106 đại biểu là các bác sĩ nội soi tiêu hóa, đại diện của 84 bệnh viện trên toàn quốc.

Liên Chi hội Nội soi Tiêu hóa Việt Nam – tên tiếng Anh là Vietnamese Federation for Digestive Endoscopy – VFDE – hoạt động trực thuộc Hội Khoa học Tiêu hóa Việt Nam (VNAGE). LCH có 3 chi hội cơ sở – Chi hội Nội soi miền Bắc, miền Trung và miền Nam – hoạt động độc lập với nhau và trực thuộc Liên chi hội Nội soi Tiêu hóa Việt Nam.